Những vướng mắc về hoàn thuế và phân định giữa sơ chế với chế biến
Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) mới đây đã gửi Công văn số 152 đến Bộ Tài chính, đồng kính gửi Cục Thuế và Cục Hải quan, phản ánh hàng loạt bất cập về thuế và kiến nghị giải pháp tháo gỡ cho doanh nghiệp thủy sản.
Theo nhận định từ VASEP, doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản thường phát sinh nhu cầu hoàn thuế GTGT lớn. Hiệp hội cho biết trước khi có Công văn 6936/CT-QLTT, một số hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài do hệ thống cảnh báo rủi ro tại một số hóa đơn hoặc nhà cung cấp F2, F3, khiến cả phần giao dịch không có dấu hiệu rủi ro cũng phải chờ xác minh.
Theo đó, Công văn 6936/CT-QLTT đã làm rõ rằng cảnh báo rủi ro chỉ là căn cứ để phân loại, xác minh, không đồng nghĩa giao dịch không có thật. Nếu rủi ro chỉ nằm ở một phần số tiền đề nghị hoàn, cần khoanh đúng phần này để kiểm tra và tiếp tục giải quyết phần đủ điều kiện.
Trước tình hình trên, VASEP kiến nghị áp dụng cần thống nhất nguyên tắc này trên toàn quốc, không tự động bác hoàn hoặc thu hồi thuế chỉ vì cảnh báo F2, F3 hay nhà cung cấp thay đổi trạng thái sau giao dịch.
Hiệp hội cũng khuyến nghị làm rõ quyền hoàn thuế với nguyên liệu nhập khẩu A11/A12 sau đó đưa vào sản xuất, xuất khẩu theo B11.
VASEP đánh giá cao nỗ lực tháo gỡ vướng mắc của Cục Thuế, nhưng Hiệp hội cho rằng doanh nghiệp thủy sản thực tế vẫn đang gặp khó do cách hiểu và áp dụng chính sách hiện vẫn chưa thống nhất.
Một vướng mắc khác được Hiệp hội nêu ra là cùng sản phẩm như tôm, cá, mực, nghêu đông lạnh nhưng có thể được áp dụng chính sách GTGT khác nhau giữa các địa phương, tùy nguồn hàng, mức độ sơ chế, chủ thể bán và khâu lưu thông.
Có trường hợp hàng hóa được xác định là không chịu thuế, nơi khác xác định không phải kê khai, tính nộp thuế, trong khi một số trường hợp lại áp dụng thuế suất 8% hoặc 10%.
Vì vậy, Hiệp hội kiến nghị ban hành hướng dẫn thống nhất, kèm bảng tra cứu theo từng nhóm sản phẩm và quy trình sản xuất, với các ví dụ cụ thể đối với tôm, cá, mực, nghêu ở dạng tươi sống, đông lạnh, hấp, luộc và các công đoạn sơ chế phổ biến.
Đáng chú ý, VASEP cũng cho biết việc phân định “sơ chế” và “chế biến” đang trở thành điểm nghẽn đối với cả thuế GTGT và TNDN.
Một quy trình gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng, đóng gói có thể được xem là “sơ chế thông thường” trong một trường hợp nhưng lại được xác định là “chế biến” khi xem xét ngành nghề hoặc điều kiện ưu đãi thuế TNDN.
Do đó, Hiệp hội kiến nghị tách rõ hai vấn đề: xác định bản chất hoạt động, ngành nghề theo Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam và xác định chế độ thuế theo tiêu chí riêng của pháp luật về GTGT, TNDN.
Bên cạnh đó, với hoạt động gia công, VASEP phản ánh tình trạng doanh nghiệp nhận nguyên liệu của bên đặt gia công, trực tiếp fillet, cắt, cấp đông rồi giao thành phẩm có thời kỳ được xác định là chế biến thủy sản nhưng kỳ kiểm tra khác lại được đánh giá khác do doanh nghiệp không sở hữu nguyên liệu.
Do đó, VASEP đề xuất cần có tiêu chí rõ ràng theo bản chất sản phẩm và quy trình thực tế, việc không sở hữu nguyên liệu không nên là căn cứ duy nhất để loại một hoạt động khỏi nhóm hoạt động chế biến.
Gỡ “nút thắt” về tỉ giá, hàng trả về và cách thực thi
Một nhóm vấn đề khác liên quan đến tỉ giá trên hóa đơn điện tử. VASEP đánh giá Công văn 6810/CT-QLNT đã tháo gỡ vướng mắc về nguyên tắc xác định tỉ giá.
Dẫu vậy, Hiệp hội kiến nghị không yêu cầu doanh nghiệp sử dụng một tỉ giá duy nhất cho hóa đơn, kế toán, thuế và hải quan khi các hệ thống có mục đích hoặc thời điểm xác định khác nhau.
VASEP đề xuất xây dựng nguyên tắc đối chiếu thống nhất giữa hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và sổ kế toán, đồng thời tăng liên thông dữ liệu Thuế - Hải quan để giảm việc nhập lại thông tin và hạn chế cảnh báo sai lệch kỹ thuật.
Đối với hàng xuất khẩu bị trả về để sửa chữa, tái chế rồi tái xuất, doanh nghiệp hiện phải nộp thuế GTGT khi tái nhập và sau đó thực hiện thủ tục hoàn.
VASEP kiến nghị trường hợp hàng chỉ tái nhập để sửa chữa, tái chế rồi tái xuất, nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện, cần xem xét xử lý theo diện không chịu thuế GTGT thay vì cơ chế “nộp trước - hoàn sau”.
Ở lĩnh vực lao động, VASEP đề xuất làm rõ cách tính thuế TNCN đối với tiền lương tháng cuối được trả sau khi người lao động nghỉ việc.
Hiệp hội cho rằng nếu khoản tiền thực tế phát sinh trong thời gian hợp đồng lao động trên 3 tháng còn hiệu lực nhưng được thanh toán theo kỳ lương sau ngày chấm dứt hợp đồng, cần được khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần thay vì mặc định áp dụng mức 10%.
Theo VASEP, nhiều vướng mắc hiện nay không chỉ nằm ở quy định mà còn xuất phát từ cách hiểu khác nhau giữa địa phương, cơ quan quản lý và các thời kỳ.
Vì vậy, Hiệp hội đề xuất thiết lập cơ chế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra, không kiểm tra lặp lại cùng nội dung, thời kỳ và hồ sơ nếu không có chứng cứ mới, đồng thời quy định rõ thời điểm áp dụng và cơ chế chuyển tiếp khi thay đổi hướng dẫn.
Đối với những vấn đề đồng thời liên quan đến Thuế - Hải quan - chuyên ngành thủy sản, VASEP kiến nghị có hướng dẫn liên ngành và bộ tình huống chuẩn áp dụng trên toàn quốc về hoàn thuế GTGT, sơ chế - chế biến, gia công, phụ phẩm, tỉ giá, hóa đơn xuất khẩu và hàng trả về.
Những kiến nghị trên được đưa ra trong bối cảnh xuất khẩu thủy sản của Việt Nam tháng 9/2026 ước đạt 1,135 tỷ USD, tăng 11,9% so với cùng kỳ, đưa kết quả 9 tháng lên 9,103 tỷ USD, tăng 11,4%.
Tuy nhiên, theo dự báo của VASEP, xuất khẩu thủy sản quý IV sẽ chậm lại do nhiều đơn hàng cuối năm đã được giao sớm, đồng thời nguồn nguyên liệu cũng đang gặp hạn chế và sức mua tại Mỹ, EU, Nhật Bản cũng đang đối mặt với sự suy giảm.
Với kết quả 9 tháng ước đạt 9,103 tỷ USD, Hiệp hội dự báo xuất khẩu cả năm có thể đạt khoảng 12 tỷ USD.
VASEP đánh giá việc thống nhất cách hiểu và thực thi chính sách thuế sẽ giúp doanh nghiệp giảm chi phí, hạn chế rủi ro phát sinh từ khác biệt trong áp dụng chính sách, qua đó duy trì sức cạnh tranh và hỗ trợ mục tiêu tăng trưởng xuất khẩu thủy sản.
